Esimeseks uurimistöö etapiks on teema valik. Õpilasuurimuse või praktilise töö teema on üsna kitsa fookusega. Sageli võib teema valik olla õpilaste jaoks üsna keeruline ja aeganõudev. Samuti võib õpilaste jaoks olla keeruline ainult UPT juhendi põhjal mõista, millised on kooli ootused tööle. Siin saab õpetaja toetada mitmel erineval moel:
- näidata õpilastele varasemaid õpilasuurimusi ja praktilisi töid;
- suunata õpilasi ise tutvuma erinevate uurimistöödega Akadeemiakese lehel;
- suunata õpilasi tutvuma juhendmaterjalide ja videotega Akadeemiakese lehel.
UTP on õpilase jaoks võimalus endale huvipakkuvat ainevaldkonda ja selle raames kitsamat teemat süvitsi uurida. Seetõttu on oluline õpilasele võimaldada autonoomiat nii teema- kui meetodite valikul.