Koolikultuuri muutumine võib toimuda seespidiselt või nö iseeneslikult, väliste mõjude toimel.

Näiteks nõukogude koolikultuur asendas suurel määral enne 1940. a. juurdunud koolikultuuri eelkõige väliste ideoloogiliste nõudmiste toimel; ka tänapäevane koolikultuur erineb märgatavalt 1980. aastate lõpu kultuurist nii õpetajate-õpilastevaheliste suhete, sümboolika kui infovahetus- ja meediaviisidelt (internet, e-kool jpm).

Koolikultuuri muutmine võib olla ka koolikogukonna, huvirühmade sihikindel, teadvustatud tegevus. Selle negatiivsete aspektidega (nt koolivägivald, negatiivsed kuvandid jms) tegelemine nõuab nende teadvustamist, esiletoomist, läbi diskuteerimist ja sageli ka nö seadustatud muutmist (sisekorra eeskirjad vmt).

On oluline, et koolikultuuri põhiväärtused ja veendumused harmoniseeruksid organisatsiooni väärtustega. Näiteks vastutus oma õppimise eest võib olla deklareeritud kooli dokumentides, kuid ei realiseeru, kui see ei ilmne õppetundides ja õpetajate eneste tegevuses, st – pole osa koolikultuurist.