Instituudil on traditsiooniliselt tihedad sidemed mitmete Eesti ülikoolidega.

* Vastavalt 20. aprillil 1993. a. sõlmitud koostöölepingule on Instituudil ja Tallinna Pedagoogikaülikoolil ühine geoökoloogia õppetool (juhataja prof. J.-M. Punning, dots. J. Jõgi, dots. E. Karofeld, dots. U. Ratas, lektor S. Siska) mille baasil töötab edukalt magistrantuur ja doktorantuur ning vastavad kaitsmisnõukogud.

Instituudi ning TPÜ teaduritel on ühine TPÜ poolt finantseeritav teadusteema R-23/97 Aineringe seaduspärasused ning modelleerimine erinevat tüüpi järvedes 1997-1999. Teema juht J.-M. Punning.

Integreerumine TPÜ-ga viidi juriidiliselt lõpuni 21. novembril 1997. a., mil haridusministri ning rektori poolt allakirjutatud ühinemislepinguga muutus Ökoloogia Instituut Tallinna Pedagoogikaülikooli autonoomseks uurimisinstituudiks. Integreerumisega avanevad uued võimalused üliõpilaste kaasamisel uurimistöösse ning kraadiõppe läbiviimisel ja Instituudile teadlaskaadri kasvatamiseks.

* Instituudil on tihedad koostöösidemed ka teiste Eesti ülikoolidega. Instituudi teadurid loevad loenguid ja/või juhendavad üliõpilaste kursuse- ja lõputöid ning kraadiõppureid Tartu Ülikoolis ( O. Kull, A. Sõber, A. Kont), Eesti Põllumajandusülikoolis (A. Sõber), Tallinna Tehnikaülikoolis (S. Babitsenko, J.-M. Punning) ja Eesti Kunstiakadeemias (U. Ratas).

* 1995. a. sõlmiti koostööleping Jõhvis asuva Eesti Mäehariduskeskusega, kus H. Kundel, V. Liblik, A. Rätsep ja A. Toomik peavad loenguid ning juhendavad ökoloogia ja keskkonnakaitse alaseid seminare ning juhendavad kursuse ja lõputöid.

1997-1998. a. kaitsesid instituudi töötajad erinevate ülikoolide juures kuus magistrikraadi, sh. TPÜ juures geoökoloogia erialal:

M. Tobias - Saaremaa ja Vilsandi loopealsete samblakooslused ja nende seos keskkonnatingimustega. Juhendaja E. Nilson

K. Tõugu - Sulfaatiooni jaotus järve vee ja sette piirpinnal ning selle seos redokspotentsiaaliga. Juhendaja J.-M. Punning

TPÜ juures bioloogia erialal:

J. Klõseiko - Imiteeritud happevihmade mõju süsivesikute jaotusele ja mineraal-elementsele koostisele aedoas (Phaseolus vulgaris). Juhendaja M. Mandre.

L. Truus - Eesti lamminiitude levik, struktuur ja dünaamika. Juhendaja E. Nilson.

J. Rauk kaitses Eesti Põllumajandusülikoolis magistrikraadi metsanduse erialal - Okaspuude radiaaljuurdekasv ja vitaalsus tsemenditööstuse mõjupiirkonnas. Juhendajad M. Mandre ja H. Tullus.

D. Makarenko kaitses Tartu Ülikoolis magistrikraadi geograafia erialal - Mullastiku ja taimkatte vahelised seosed erineva saastekoormusega mõhnastikes. Juhendaja A. Kont.

Neli Instituudi teadurit jätkavad kvalifikatsiooni täiendamist doktoriõppes:

T. Alliksaar - Atmosfäärse sissekande seaduspärasused Eesti akumulatiivsetes setetes. Juhendaja J.-M. Punning. TPÜ.

A. Leeben - Fütoplanktoni kvantitatiivne fluorestsentsdiagnostika. Juhendaja S. Babitsenko. TPÜ.

E. Lode - Turbaväljade hüdroloogia. Juhendajad M. Ilomets ja L. Lundin. Rootsi Põllumajandusteaduste Ülikool, Uppsala.

M. Tobias - Sammalkatte ajalis-ruumilise dünaamika mehhanismid ja põhjused loodudel. Juhendaja E. Nilson. TPÜ.

Magistrantuuris jätkavad õpinguid:

K. Kruusement - Fosfori jaotuse seaduspärasused järvesetetes. Juhendaja J.-M. Punning. TPÜ.

R. Pajula - Rabalaama kasvu ajalis-ruumiline dünaamika. Juhendaja M. Ilomets. TPÜ.

M. Pensa - Okaste püsivuse retrospektiivne analüüs Kirde-Eesti männikutes. Juhendaja A. Sellin. TÜ.