Ülikooli juhivad nõukogu, senat ja rektor.

2019. aastal kaasajastati kõrgharidusvaldkonna seadusi, mille ühe osana jõustus 1. septembril 2019 Tallinna Ülikooli seadus. Seadusest tulenev olulisim muudatus oli ülikooli juhtimisstruktuuri uuendamine, millest tulenevalt on senise kahe juhtorgani (senat ja rektor) asemel ülikoolil juhtorganeid kolm: nõukogu, senat ja rektor.

Juhtorganitel on erinev pädevus ülikooli juhtimisel, sh õigusaktide vastuvõtmisel. Juhtimismudeli uuendamise eesmärgiks oli juhtimisotsuste tegemiseks laiapõhjalisema sisendi ja suurema kaasatuse tagamine. Uus juhtimismudel rakendus täies mahus 1. jaanuarist 2020.

Nõukogu on ülikooli juhtorgan, kes vastutab ülikooli pikaajalise ja kestliku arengu ning oluliste majandus-, finants- ja varaga seotud otsuste tegemise eest, tagades ülikooli eesmärkide saavutamise. Ülikooli ühiskonnaga sidustamise suurendamiseks on nõukogusse kaasatud ülikoolivälised liikmed, kes moodustavad üle poole nõukogu koosseisust.

Senat  on ülikooli akadeemiline otsustuskogu, kes vastutab ülikooli teadus-, arendus-, loome- ja õppetegevuse eest ning tagab selle kõrge kvaliteedi.

Rektor vastutab ülikooli üldseisundi ja arengu, eelarve täitmise ja rahaliste vahendite õiguspärase ja otstarbeka kasutamise eest ning otsustab ülikooli tegevusega seotud küsimusi, mis ei ole antud nõukogu ega senati pädevusse. Ülikooli õppe-, teadus- ja arendustegevusi viib igapäevaselt rektori juhtimisel ellu rektoraat, kuhu kuuluvad lisaks rektorile prorektorid ja valdkonnajuhid.
 

Akadeemilisi üksusi juhivad nõukogu ja direktor. Akadeemiliste üksuste juhtimise kohta saab lähemalt lugeda instituutide kodulehtedelt:

Balti filmi, meedia ja kunstide instituut
Digitehnoloogiate instituut
Haridusteaduste instituut
Humanitaarteaduste instituut
Loodus- ja terviseteaduste instituut
Ühiskonnateaduste instituut
Haapsalu kolledž