Kogud

• arheoloogiakollektsioonid (sh esemetekogu, numismaatikakogu, arheo-osteoloogia- e luukogu), mille ligikaudne suurus on 1,5 miljonit esemeleidu; sh 107 000 münti ja 1400 vääriseset ja umbes 20 000 luuleiukarpi;
• arheoloogiaarhiiv e dokumendikogu ja arheoloogiaraamatukogu (sisaldab lisaks erialastele trükistele ka käsikirjalisi materjale);
• uurimist toetavad kollektsioonid (sh luude, seemnete, taimejäänuste võrdluskogud, mulla ja setteproovid, söe-, puidu-, ja metalliproovid).

Arheoloogia teaduskogu kasvab pidevalt, ulatudes aastas 1000 kuni 20 000 leiuni. Sedavõrd suured erinevused leidude laekumises tulenevad kaevamismahtude erinevusest. Lisaks arheoloogilistelt väljakaevamistelt koguneva leiuainesega kasvavad kollektsioonid ka arheoloogilistelt maastikuinspektsioonidelt talletatud ja juhuslikult avastatud arheoloogiliste esemetega.