Tallinna Ülikooli humanitaarteaduste instituudi juhtimiskogud on instituudi nõukogu ning selle juures töötavad teadus- ja õppekolleegium. Lisaks on loodud erinevaid komisjone ja nõuandvaid kogusid, mille eesmärk on toetada TÜHI arengut. Kõikide kogude koosseis määratakse aastaks ja muudetakse vastavalt vajadusele jooksvalt (v.a nõukogu koosseis, mis on ametikoha-põhine).

Instituudi nõukogu Teaduskolleegium

Akadeemiline komisjon

Õppekolleegium
TLÜ kultuuridevaheliste uuringute tippkeskuse nõukogu Valimiskomisjon
21. sajandi humanitaaria töörühm Juhatus
Õppetöö kaasajastamise töörühm TÜHI üliõpilasnõukogu